Theo PGS. TS. Từ Diệp Công Thành, Giám đốc Văn phòng Chương trình Tây Nam Bộ, tính đến tháng 12-2019, Chương trình Tây Nam bộ đã, đang triển khai thực hiện 63 nhiệm vụ quan trọng có ảnh hưởng vùng như đề tài: “Thể chế phát triển bền vững vùng Tây Nam bộ”, “Hệ thống chính trị cơ sở với yêu cầu phát triển bền vững vùng Tây Nam bộ hiện nay”, “Vấn đề dân số và di dân trong phát triển bền vững vùng Tây Nam bộ”, “Nghiên cứu tổng thể vấn đề dân tộc đối với việc phát triển bền vững vùng Tây Nam bộ”, “Nghiên cứu tổng thể vấn đề tôn giáo đối với việc phát triển bền vững Tây Nam bộ”, “Nghiên cứu luận cứ khoa học và đề xuất hệ giải pháp đột phá nhằm hiện thực hóa đặc khu kinh tế Phú Quốc”...
Bên cạnh đó, chương trình còn có nhiều phát hiện nghiên cứu, đề xuất kiến nghị, giải pháp có ý nghĩa đối với việc triển khai Nghị quyết 120/NQ-CP năm 2017 của Chính phủ về Phát triển bền vững vùng ĐBSCL thích ứng với biến đổi khí hậu như đề tài: “Khảo sát, đánh giá, xây dựng các giải pháp công nghệ hiện đại, tối ưu để sử dụng hiệu quả nguồn phế phụ phẩm sinh khối (trấu) theo hướng sản xuất năng lượng bền vững, phục vụ phát triển kinh tế của khu vực Tây Nam bộ”; “mô hình nuôi ngao móng tay chúa tại Bạc Liêu”; “thiết bị thu hoạch hành tím tại Vĩnh Châu, Sóc Trăng”... đã được doanh nghiệp và nông dân vùng áp dụng khá rộng.
Theo Viện Hàn lâm Khoa học Xã hội Việt Nam, nhiều ứng dụng có hiệu quả các giải pháp khoa học công nghệ phục vụ các lĩnh vực kinh tế mũi nhọn như sản xuất lúa, cây ăn quả, nuôi trồng thủy sản, chế biến các sản phẩm nông nghiệp, cơ giới hóa nông nghiệp; cung cấp giống cây, con, các dịch vụ kỹ thuật, chế biến và xuất khẩu các sản phẩm nông nghiệp, giải quyết đồng bộ các vấn đề liên quan đến vận chuyển, bảo quản, chế biến, dịch vụ tư vấn, tiếp thị quảng cáo, xây dựng thương hiệu, xuất khẩu... cho vùng Tây Nam Bộ. Thí dụ như ứng dụng và nghiên cứu hoàn thiện một số giải pháp kỹ thuật trong tổ chức sản xuất giống và nuôi thương phẩm cá tra, nghiên cứu mô hình nuôi Nghêu bền vững tại Đồng bằng sông Cửu Long, nghiên cứu giải pháp chuyển đổi sản xuất nông nghiệp thích ứng với hạn mặn vùng Tây Nam bộ, nghiên cứu hoàn thiện quy trình sinh sản nhân tạo và thử nghiệm nuôi thương phẩm ngao móng tay chúa Cultellus maximus, hoàn thiện quy trình và xây dựng mô hình aquaponics nuôi thủy sản tuần hoàn nước và trồng rau sạch tiết kiệm nước ở ĐBSCL.
GS.TS Nguyễn Quang Thuấn, Phó Chủ tịch Hội đồng Lý luận TƯ, đồng Chủ nhiệm Chương trình Tây Nam bộ cho rằng, nhiều đề tài, giải pháp ngay khi nghiệm thu đã được đưa vào sử dụng, làm lợi cho Nhà nước và nông dân, có tính thực tiễn cao, phù hợp như cầu hiện tại của vùng như đề tài: “Xây dựng hệ thống thông tin địa lý Đồng bằng Sông Cửu Long” (Trung tâm Địa tin học, ĐHQG chủ trì) sau khi nghiệm thu cấp quốc gia đã được Văn phòng UBND Thành phố Cần Thơ đề nghị chuyển giao kết quả để phục vụ cho Văn phòng dự án “100 thành phố có khả năng chống chịu” TP Cần Thơ để ứng dụng trong đánh giá mối tương quan giữa phát triển đô thị và ngập thông qua dữ liệu đã được xây dựng từ MGIS. Hoặc là đề tài “Nghiên cứu ứng dụng công nghệ plasma lạnh trong nuôi trồng thủy sản” do Trường Đại học Cần Thơ làm chủ trì, kết quả với mô hình xử lý nước sông phục vụ sinh hoạt được người dân đánh giá cao.
PGS. TS. Huỳnh Thành Đạt, Ủy viên T.Ư Đảng, Giám đốc Đại học Quốc gia TP Hồ Chí Minh, đồng Chủ nhiệm Chương trình Tây Nam bộ nhìn nhận, Chương trình hướng đến mục tiêu chính: Cung cấp luận cứ khoa học cho việc hoạch định chiến lược, chính sách; đẩy mạnh ứng dụng KH&CN; Triển khai các giải pháp KH&CN phục vụ phát triển bền vững vùng Tây Nam Bộ phù hợp với đặc thù và thế mạnh của vùng, có tính đến bối cảnh toàn cầu hóa và hội nhập quốc tế.
Chương trình tập trung vào hai mảng lĩnh vực với những nhiệm vụ tương ứng gồm: cung cấp luận cứ khoa học cho việc đề ra các chủ trương, định hướng, chính sách phục vụ vùng; góp phần nâng cao năng suất, giá trị của các sản phẩm chủ lực (lúa, cây ăn quả, thủy sản); giải quyết những vấn đề cấp bách và lâu dài như biến đổi khí hậu, hạn hán, xâm nhập mặn, xói lở (bờ sông, bờ biển), phục vụ phát triển bền vững vùng Tây Nam bộ.