Theo đó trong vụ án này, VKSND tỉnh Hà Giang truy tố 3 bị can gồm Nguyễn Thanh Hoài (cựu trưởng Phòng Khảo thí và quản lý chất lượng giáo dục, Sở Giáo dục và Đào tạo (GD-ĐT) tỉnh Hà Giang), Vũ Trọng Lương (cựu phó Phòng Khảo thí và quản lý chất lượng giáo dục) và Triệu Thị Chính (cựu phó giám đốc Sở GD-ĐT tỉnh Hà Giang) về tội Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ. Riêng 2 bị can Phạm Văn Khuông (cựu phó giám đốc Sở GD-ĐT tỉnh Hà Giang) và Lê Thị Dung (cựu cán bộ Công an tỉnh Hà Giang) bị truy tố về tội "Lợi dụng sự ảnh hưởng đối với người có chức vụ quyền hạn để trục lợi.

Theo TAND tỉnh Hà Giang, quá trình nghiên cứu hồ sơ vụ án, xét thấy cần xem xét thêm những chứng cứ quan trọng đối với vụ án mà không thể bổ sung tại phiên tòa được. Ngày 15-7-2019, Thẩm phán - Chủ tọa phiên tòa đã ra Quyết định trả hồ sơ cho VKSND tỉnh Hà Giang để yêu cầu điều tra bổ sung theo quy định tại điểm b khoản 1 Điều 277; điểm a khoản 1 Điều 280 Bộ luật tố tụng hình sự.

Trước đó, theo cáo trạng của VKSND tỉnh Hà Giang, Vũ Trọng Lương đã tác động vào bài làm của 107 thí sinh với 309 bài thi được nâng điểm. Trong đó, thí sinh được nâng điểm cao nhất với 4 môn là 29,95 điểm; thí sinh được nâng ít nhất với 1 môn là 2,2 điểm.

Toàn bộ bản cáo trạng chỉ nêu tên đích danh 1 vị phụ huynh là ông Phạm Văn Khuông, khi xảy ra vụ án đang là phó giám đốc Sở GD-ĐT tỉnh Hà Giang, và sau đó đã bị khởi tố trong vụ án này. Kết quả, con trai ông Khuông được nâng 13,3 điểm của 3 môn thi trắc nghiệm.

Bản cáo trạng này cũng nêu rõ trong quá trình điều tra, Cơ quan An ninh điều tra đã áp dụng tất cả các biện pháp theo quy định của pháp luật nhưng không thu thập được chứng cứ để chứng minh được có yếu tố vụ lợi trong vụ án. Đã đấu tranh với gia đình các thí sinh nhưng không gia đình nào khai nhận có đưa tiền hoặc lợi ích vật chất khác có giá trị để nhờ nâng điểm. Ngoài ra, lời khai của bị can Hoài, Lương không thừa nhận mà chỉ giúp nâng điểm do mối quan hệ quen biết, bạn bè, người thân.

Cáo trạng nêu rõ hành vi phạm tội của các bị can này đã xâm hại đến hoạt động đúng đắn của cơ quan Nhà nước. Gian lận trong thi cử không chỉ để lại hậu quả trước mắt mà còn về lâu dài sẽ đào tạo ra một nguồn nhân lực chất lượng thấp và yếu kém, tác động đến đạo đức xã hội, không còn sự công bằng trong xã hội. Tuy nhiên đối với hành vi gian lận thi cử của các bị can xảy ra tại kỳ thi THPT quốc gia 2018 tại Hà Giang, sau khi bị phát hiện, Bộ GD-ĐT đã chấm thẩm định, trả lại kết quả chính xác cho các thí sinh trước khi xét tuyển vào các trường đại học, cao đẳng trên toàn quốc nên không có thì sinh nào bị buộc thôi học tại các trường đại học, cao đẳng trên toàn quốc.

Cáo trạng xác định hành vi phạm tội của các bị can gây hậu quả đặc biệt nghiêm trọng, ảnh hưởng xấu đến dư luận xã hội, do đó cần phải xử lý về hình sự. Cũng theo cáo trạng, Cơ quan điều tra xác định 5 bị can trong vụ án này đều không xét tình tiết tăng nặng, mà chỉ xem xét tình tiết giảm nhẹ.

Cụ thể, đối với các bị can: Vũ Trọng Lương, Nguyễn Thanh Hoài, Phạm Văn Khuông, Lê Thị Dung, quá trình điều tra, các bị can đã thành khẩn khai báo và thừa nhận toàn bộ hành vi sai phạm của mình, có nhân thân tốt, chưa có tiền án tiền sự, có nhiều thành tích trong quá trình công tác.

Ngoài ra, gia đình các bị can: Vũ Trọng Lương, Nguyễn Thanh Hoài, Phạm Văn Khuông có thân nhân là người có công với cách mạng. Riêng bị can Lê Thị Dung có bác ruột là liệt sĩ nên xem xét giảm nhẹ hình phạt cho các bị can.

Đối với bị can Triệu Thị Chính, quá trình điều tra không thừa nhận hành vi phạm tội của mình nên không được áp dụng tình tiết thành khẩn khai báo. Tuy nhiên, bị can có nhân thân tốt, chưa có tiền án tiền sự, có nhiều thành tích trong quá trình công tác, gia đình bị can có bố là người có công với cách mạng, nên xem xét giảm nhẹ hình phạt cho bị can.